El programa de atención relativo al Sistema Penitenciario es atendido por la Tercera Visitaduría General de la CNDH, a quien le corresponde conocer, analizar e investigar las quejas e inconformidades sobre presuntas violaciones a Derechos Humanos en este ámbito, preponderantemente las cometidas por autoridades de carácter federal. 

Esta Visitaduría General cuenta con dos Direcciones Generales, una encargada de Quejas en Materia Penitenciaria e inconformidades, en donde se atienden hechos violatorios a Derechos Humanos en centros penitenciarios de la República Mexicana, así como en instituciones de internamiento para menores de edad que infringen la ley penal, además de realizar las actividades necesarias para lograr por medio de la orientación, remisión, conciliación y Recomendación en su caso, la atención de la queja.

Por otra parte, la Dirección General de Supervisión y Pronunciamientos Penitenciarios, es quien lleva a cabo la elaboración de diferentes documentos encaminados al respeto de los Derechos Humanos de las personas privadas de la libertad, destacando el Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria (DNSP), el cual es una atribución conferida en el artículo 6°, fracción XII de la Ley de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos.

El DNSP examina la situación que impera en el sistema penitenciario nacional, por medio de evaluaciones de cada uno de los centros que se supervisan, en donde se verifican las condiciones de estancia e internamiento de las personas procesadas y sentenciadas, ponderando ante todo, el respeto y la observancia a los Derechos Humanos. 

Con el fin de contar con la información que permita llevar una estadística más clara, el DNSP a la fecha se divide en cinco secciones relativas a la supervisión de centros federales, estatales, municipales y militares, así como los exclusivos  para albergar a población femenil, por medio de visitas y recorridos a cada uno de ellos, donde se aplican las “Guías de Supervisión Penitenciaria” y se realizan además entrevistas directas al titular de la prisión, al personal de seguridad y custodia, a los responsables de las áreas técnicas y fundamentalmente a las personas internas, siempre con un enfoque de respeto a los Derechos Humanos.

Además, es la encargada de elaborar los Pronunciamientos e Informes Especiales en el ámbito penitenciario, atendiendo a los resultados obtenidos en el mencionado diagnóstico, con el fin de optimizar el sistema penitenciario de conformidad con el mandato constitucional que señala que éste tendrás su base en el respeto por los Derechos Humanos.  

Por todo lo anterior, es que se cuenta con personal de guardia, que se encarga de recibir y atender las quejas en materia penitenciaria, así como de proporcionar asesoría, durante las 24 horas del día, los 365 días del año, a través de la línea de larga distancia sin costo 01 800 719 2479 y con un visitador adjunto de presencia permanente en cada uno de los Centros Federales de Readaptación Social, para dar cumplimiento al programa de atención inmediata en esas instituciones.