El Mecanismo Nacional de Prevención de la Tortura (MNPT) emitió el Informe Especial 1/2019, el Informe Especial 2/2019 y el Informe de Seguimiento ISP-6/2018, por irregularidades en centros de detención que pudieran derivar en tratos o penas crueles, inhumanos o degradantes, e incluso tortura, contra las personas privadas de la libertad.
En julio de 2019, el MNPT visitó el Centro de Internamiento para Adolescentes en Ensenada con el objetivo de verificar el grado de cumplimiento de los factores de riesgo que se detectaron y las ocho recomendaciones que se emitieron el Informe Supervisión 06/2018. Los resultados de las visitas permitieron observar que tres recomendación se cumplieron, cuatro se cumplieron parcialmente y una persistió.
El 26 de marzo de 2019, el MNPT realizó una visita al Centro de Justicia de Valle de Chalco con el objetivo el verificar la situación en la que se encontraban las personas detenidas en la Agencia, todo ello derivado de una nota periodística del periódico La Prensa que detallaba "RÁFAGA ¿Torturan en Centro de Justicia de Valle de Chalco?”. Se identificaron factores de riesgo sobre el suministro de alimentos a los detenidos, carencia de personal femenino para la custodia de mujeres privadas de la libertad.
En enero, febrero y marzo de 2019, el MNPT realizó 100 visitas a agencias del ministerio público del fueron común y federal en 31 entidades federativas de México con el objetivo de verificar que todas las personas bajo custodia del Estado tuvieran acceso a las cuatro salvaguardias para prevenir la tortura en la custodia policial. Se identificaron factores de riesgo como la privacidad durante las entrevistas personas defensoras de las personas privadas de la libertad, así como el derecho a un examen médico completo antes y después de la declaración.