A pesar de disposiciones legales, los humedales han estado sujetos a presiones, degradación y pérdida, debido al crecimiento de la zona urbana, la invasión y el relleno con fines de vivienda. La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) emitió la Recomendación 18/2022 a las personas titulares de la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), de la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA), de la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA), así como al gobernador del estado de Chiapas, a la Fiscalía General de dicha entidad y a los integrantes del Ayuntamiento de San Cristóbal de las Casas, por violaciones a los derechos al medio ambiente, al agua, a la vivienda y por la invasión y destrucción de los humedales de montaña denominados “la Kisst” y “María Eugenia”, que son Áreas Naturales Protegidas (ANP).
